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  1. Exemples
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  3. Example d’utilisation des composantes dynamiques (taxons)

Example d’utilisation d’une composante dynamique

Taxons

Date de publication

07 mai 2025

Résumé
Cet exemple permet de définir une composante dymique site_property s’appuyant sur un référentiel de propriétés de sites.

Description

Ici les taxons repésentent des déterminations. Il en existe différents types imbriqués les uns dans les autres. Pour chaque type on peut définir un certain nombre de propriétes communes à plusieurs taxons ou spécifiques d’un taxon.

Propriétés des taxons
Propriétés des sites
nom.de.la.propriété_key nom.de.la.propriété_fr nom.de.la.propriété_en définition_fr définition_en type.associé ordre.d.affichage
niveau_incertitude_de_determination Niveau incertitude de détermination Uncertainty determining the level niveau du taxon qui a été déterminé Level of the determined taxon Phytoplancton 1
auteur_de_la_description Auteur de la description Description’s author Quand c’est connu When known Phytoplancton 2
Taxons
Zones d’études
nom.du.taxon.déterminé theme nom.du.niveau.de.taxon nom.du.taxon.superieur code.sandre.du.taxon code.sandre.du.taxon.supérieur pt_niveau_incertitude_de_determination pt_auteur_de_la_description
Golenkiniaceae Phytoplancton Famille NA NA NA NA
Acanthosphaera sp. Phytoplancton Genre espèce golenkiniaceae NA NA espèce NA NA
Achnthaceae Phytoplancton Famille NA NA NA NA

Configuration

On pourra décrire le fichier de configuration en utilisant une composante property défine comme une composante dynamique.

dynamicComponent.yaml
OA_version: 2.0.1
OA_application:
  OA_name: dynamic_case_taxon
  OA_i18n: # optional
    OA_title:
      fr: Example de composante dynamique (Taxons)
      en: Dynamic configuration example (Taxons)
    OA_description:
      fr: Example de composante dynamique (Taxons)
      en: Dynamic component example (Taxons)
  OA_version: 1.0.1
  OA_defaultLanguage: fr  # optional par défaut fr
  OA_comment: Cas d'usage des composantes dynamiques (taxons) # optional
OA_data: 
  tr_propriete_taxon_ptx: 
    OA_dataHeaderLine: 1
    OA_dataFirstLine: 2
    OA_naturalKey: 
      - ptx_propriete_key
    OA_i18n: 
      OA_title:
        fr: Propriété des taxon
        en: Taxa properties
    OA_basicComponents: 
      ptx_propriete_key: 
        OA_required: true
        OA_importHeader: nom de la propriété_key 
      ptx_propriete_fr: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: nom de la propriété_fr 
      ptx_propriete_en: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: nom de la propriété_en
      ptx_definition_fr: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: définition_fr
      ptx_definition_en: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: définition_en
      ptx_type_associe: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: type associé
      ptx_ordre_affichage: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: ordre d'affichage
  tr_taxon_tax: 
    OA_dataHeaderLine: 1
    OA_dataFirstLine: 2
    OA_naturalKey: 
      - tax_taxon
    OA_i18n: 
      OA_title:
        fr: Taxon
        en: Taxa
    OA_basicComponents: 
      tax_taxon: 
        OA_required: true
        OA_importHeader: nom du taxon déterminé
      tax_theme : 
        OA_required: true
        OA_importHeader: theme
      tax_nom_niveau_taxon: 
        OA_required: true
        OA_importHeader: nom du niveau de taxon
      tax_nom_taxon_sup: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: nom du taxon superieur
      tax_code_taxon : 
        OA_required: false
        OA_importHeader: code sandre du taxon
      tax_code_taxon_sup: 
        OA_required: false
        OA_importHeader: code sandre du taxon supérieur
    OA_dynamicComponents: 
      tax_propriete_taxon: 
        OA_exportHeader:
          OA_title:
            fr: Propriétés de taxons
            en: Taxa properties
          OA_description:
            fr: Propriétés de taxons
            en: Taxa properties
        OA_headerPrefix: "pt_"
        OA_reference: tr_propriete_taxon_ptx
        OA_referenceComponentToLookForHeader: ptx_propriete_key

dynamicComponent.yaml

Rendu

visualisation des taxons

visualisation des propriétés de Acanthosphaera sp.

Stockage en base

select refvalues 
from dynamic_case_taxon.referencevalue
where referencetype = 'tr_taxon_tax' and 
naturalkey = 'acanthosphaera_spFULLSTOP'::ltree
{
  "tax_taxon": "Acanthosphaera sp.",
  "tax_theme": "Phytoplancton",
  "tax_code_taxon": "",
  "__display_default": "Acanthosphaera sp.",
  "tax_nom_taxon_sup": "golenkiniaceae",
  "tax_code_taxon_sup": "",
  "tax_propriete_taxon": {
    "auteur_de_la_description": "",
    "niveau_incertitude_de_determination": "espèce"
  },
  "tax_nom_niveau_taxon": "Genre espèce"
}
Retour au sommet
Example d’utilisation des composantes dynamiques(sites)
Example d’utilisation des composantes basiques
Code source
---
title: Example d'utilisation d'une composante dynamique
subtitle: Taxons
abstract: Cet exemple permet de définir une composante dymique site_property s'appuyant sur un référentiel de propriétés de sites.
---

## Description

Ici les taxons repésentent des déterminations. Il en existe différents types imbriqués les uns dans les autres. Pour chaque type on peut définir un certain nombre de propriétes communes à plusieurs taxons ou spécifiques d'un taxon.

::: {.callout-important collapse="false" title="Propriétés des taxons"}
```{r}
#| echo: false
#| label: tr_sites_properties_spt.csv
#| tbl-cap: "Propriétés des sites"
#| code-fold: show
knitr::kable(read.csv("fichiers/tr_taxon_properties_tpt.csv", header = TRUE,  sep = ';',  stringsAsFactors = FALSE))

```
:::

::: {.callout-important collapse="false" title="Taxons"}
```{r}
#| echo: false
#| label: tr_sites_sit.csv
#| tbl-cap: "Zones d'études"
#| code-fold: show
knitr::kable(read.csv("fichiers/te_taxon_tax.csv", header = TRUE,  sep = ';',  stringsAsFactors = FALSE))

```
:::

## Configuration

On pourra décrire le fichier de configuration en utilisant une composante property défine comme une composante dynamique.

::: {.callout-important collapse="false" title="dynamicComponent.yaml"}
``` yaml
{{< include configuration.yaml >}}
```

[dynamicComponent.yaml](configuration.yaml)
:::

## Rendu

::: {.callout-important collapse="false" title="visualisation des taxons"}
![](images/paste-1.png)
:::

::: {.callout-important collapse="false" title="visualisation des propriétés de Acanthosphaera sp."}
![](images/paste-2.png)
:::

## Stockage en base

``` sql
select refvalues 
from dynamic_case_taxon.referencevalue
where referencetype = 'tr_taxon_tax' and 
naturalkey = 'acanthosphaera_spFULLSTOP'::ltree
```

``` json
{
  "tax_taxon": "Acanthosphaera sp.",
  "tax_theme": "Phytoplancton",
  "tax_code_taxon": "",
  "__display_default": "Acanthosphaera sp.",
  "tax_nom_taxon_sup": "golenkiniaceae",
  "tax_code_taxon_sup": "",
  "tax_propriete_taxon": {
    "auteur_de_la_description": "",
    "niveau_incertitude_de_determination": "espèce"
  },
  "tax_nom_niveau_taxon": "Genre espèce"
}
```

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